6月，红1、4方面军会师后，制订了松潘战役计划，计划攻占川北的松潘城，然后取道甘南，建立川陕甘革命根据地。7月中旬，中央红军攻下松潘附近的毛尔盖。此时，军委二局从无线电侦察中得知，国民党军胡宗南部主力已在松潘完成集结，薛岳兵团也进至平武地区向胡部靠拢。显然，红军如果再攻打松潘，不但可能打不下来，而且还有被敌“围歼”的危险。於是，中央决定红军改走草地进入甘南，避免了可能出现的重大损失。

　　在艰苦的长征路上，在曾希圣局长的领导和参与下，二局破译科共破译国民党军各类口令860多种，其中曹祥仁破译速度最快，数量最多。曹祥仁回忆,毛主席曾说,二局是黑夜走路的灯笼,我们是打着这个灯笼长征的,没有二局,长征是很难想象的。

　　1935年6月，红一方面军翻过夹金山，与红四方面军在四川懋功会师。张国焘知道中央军委二局在战争中是个不可或缺的机构，企图利用他红军总政委的职位挖墙角。为巩固他自己的地位，张国焘在四方面军打击、处决了许多不顺从他的知识分子。军委二局局长曾希圣的哥哥曾中生是四方面军的参谋长，因意见不同被张国焘残忍杀害，曾希圣对张恨之入骨。于是张国焘便在担任破译科长的曹祥仁身上打主意。一日张国焘对曹祥仁说，“小曹啊，我看你挺聪明，你到我这边来好不好啊？”曹祥仁没有理他，因为曹祥仁对张国焘早有警觉。中央红军西渡湘江之后，被敌军压缩在西延山区，国民党军包围圈越缩越小。在此生死攸关之际，中央军委曾在一日之内连发十封十万火急的电报，向位于川陕根据地的红四方面军求援。可张国焘竟全然不理，手握十万大军按兵不动。张国焘究竟是何居心，大可怀疑。曹祥仁当时就在总部，对此心知肚明。

　　1935年9月8日，坐镇左路军的张国焘对右路军原四方面军的部队下达强行南下的秘密命令，并提出“要彻底开展党内斗争”。随右路军行进的作战科副科长吕黎平收到张的电令，马上交给了叶剑英参谋长，火速向毛主席报告。

　　毛主席当即决定趁夜脱离张国焘，率红一、三军团和军委纵队先行北上，并专门嘱咐叶剑英，“二局一定要带上。”父亲和胡立教等同志都回忆，毛主席还特别关照叶剑英：告诉曾希圣、曹祥仁、邹毕兆三人先行到三军团驻地。叶剑英匆匆赶到二局驻地，向曾希圣、曹祥仁、邹毕兆三人传达毛主席的指示。9日晚，曾希圣、曹祥仁、邹毕兆三人悄悄离开驻地，先行到达三军团，受到彭德怀军团长的热情欢迎。随后，二局其他同志连夜分批潜行离开宿营地，第二天清晨也到达了三军团，与焦急等待的曹祥仁等三人会合，一同跟随毛主席北上。